Unity4.5以降のバージョンでは、コンパイルされたシェーダーの容量が約２倍になることがあります。
コンパイルされたシェーダーを見ると分かりますが、OpenGL ES3.0用のコードが増えたことで、シェーダーの容量が約２倍になっています。
使っているシェーダーの数が少なければ大して問題にはならないでしょうが、使っているシェーダーの数が大量だと問題になる場合があります。その場合、以下のようにすることで対応が可能です。
hoge.shader
CGPROGRAM
#pragma exclude_renderers gles3 // gles3向けのレンダラをコンパイルしない
exclude_renderers gles3 を追加することで、OpenGL ES3向けのコードが生成されるのを抑制出来ますので、シェーダーのサイズが元に戻ります。