anacondaにおいてOpenCV3をインストールすることが出来たので残します．
環境
Ubuntu 15.10
pyenv
anaconda3-2.5.0
インストール手順
pyenvによりanaconda3-2.5.0を導入しセットする．
pyenv install anaconda3-2.5.0
pyenv global anaconda3-2.5.0
その後に，condaを使いOpenCV3を導入する．
conda install -c https://conda.anaconda.org/menpo opencv3
確認
~$ python
Python 3.5.1 |Anaconda 2.5.0 (64-bit)| (default, Dec 7 2015, 11:16:01)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import cv2
>>> cv2.__version__
'3.1.0'
>>>
インポートがされていれば成功です．