Cordovaは標準でUIWebViewを使うので、Safariで検証して直前にアプリ化してリリースみたいな危ない橋を渡ろうとすると死にます。
UIWebViewのパフォーマンスはSafariに較べて３倍程度遅く、操作感がかなり変わってしまいます。
もちろんPhonegapも事情は同じです。
iOS8から用意されている「WKWebView」を使うと、Safariと同等程度のパフォーマンスが出るようになります。
注意点として、WKWebViewではファイルシステムへの参照が厳しくなっているため、WKWebViewではWebサーバをcordova内に立てる構成になっています。そのため、UIWebViewとは動作が変わるおそれがあります。
Cordova向けのWKWebViewプラグインは、apacheのものとtererikのものと２つありましたが、数ヶ月前に試用した時点では、tererik側の方が安定していました。（apache側はlocalStorageを使えなかったかと記憶しています）
とりあえずHelloWorldとしては下記のコマンドを実行すればOKです。
cordova create helloworld
cordova platform add ios
cordova plugin add com.telerik.plugins.wkwebview
cordova prepare
その後に、生成されたフォルダをXCodeで開けば良いです。