コンテナからホストへのコピー
docker cp コマンドが使えます。
# コンテナIDを調べる
$ sudo docker ps
$ sudo docker cp <コンテナID>:/etc/my.cnf my.cnf
ホストからコンテナへのコピー
（追記：2016/01/22）
Docker 1.8からホストからコンテナへのコピーも docker cp コマンドでサポートされるようになりました！
https://docs.docker.com/engine/reference/commandline/cp/
$ sudo docker cp my.cnf <コンテナID>:/etc/my.cnf
こちらは docker cp コマンドで実現することはできません。
現状、Dockerfile に記述して、コピーするしかないみたいです。
ADD my.cnf /etc/my.cnf
ちなみに、docker cpコマンドでホストからコンテナへのコピーをサポートしてほしいという要望がコミュニティ内でも根強くあるみたいです。