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cakePHP3のwebアプリをローカル環境(xampp)で開発していました。
ひと段落ついたので、そろそろVPSにgit cloneしてローカルから離れてみました。
その時、サーバなどの設定でいろいろと苦労したので、忘備録もかねて注意点をメモしておきます。

前提

VPS : ConoHa
OS : CentOS Linux release 7.3.1611 (Core)
PHP：HP 7.0.20 (cli)
Apache：Apache/2.4.6 (CentOS)

gitignoreファイルを見てみると、なぜかvendorディレクトリが管理対象外になっています。
これがないと当然動かないので、リモートのプロジェクトにもどうにかしてコピーします。
自分はWinSCPを使ってコピーしました。

公式ドキュメントにも書いてありますが、DocumentRootは"webroot"にしましょう。
AllowOverrideで、.htaccessの上書きを許可するかどうかを設定しましょう。
ちなみに、以下のようにルートディレクトリで設定したからと言って安心しては以下ません。

<Directory />
 Options FollowSYmLinks
 AllowOverride All
<Directory>

もしhttpd.confのもっと下の行にサブディレクトリ内での上書き権限をAllowOverride Noneとかしてる場所があるかもしれないので気を付けましょう。
自分はそれに気づかず数時間無駄にしました。

ls -laコマンドで、.htaccessを見つけたら忘れずに設定しましょう。
サブディレクトリに.htaccessを見つけた場合、設定が上書きされるので注意しましょう。

chmod -R 775 appNameで権限を変更することができます。
しかし、gitは「権限の変更」も差分として認識するので、このままだとgit statusしたときに大量の差分が出てきてしまいます。
このサイトのやり方に従い、パーミッションは無視するように設定しておきます。

公式ドキュメントに従い、"mod_rewrite"がロードされているかを確認しましょう。
自分はhttpd.confの一番下に、下記を追加しました。

LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so

ちなみに、"mod_rewrite"の場所はfind / -name "mod_rewrite"で探せます。

極稀にあることですが、サーバは確かに起動してますか？
httpd.confの設定を変更した後はリスタートしましたか？

切らなくて大丈夫です。
systemctl status firewalldで起動されてるかを確認しましょう。