ThermoMSの.rawファイルをC#でこじ開ける方法

日本語での解説が無かったので備忘録的に使用

Bioinformatics for Proteomic Mass Spectrometry 生物資訊於蛋白質體的質譜資料分析
を参考に

参照を追加にXrawfi2_x64.dllを追加。
やり方は参照ページのが詳しい。

ファイルをフォームにD&Dで名前取得するようにあらかじめ指定しておいてから使っていた。

        private void textBox1_DragDrop(object sender, DragEventArgs e)
        {
            MSFileReader_XRawfile rawfile = new MSFileReader_XRawfile();

            string[] fileName = (string[])e.Data.GetData(DataFormats.FileDrop, false);

            rawfile.Open(fileName[0]);
            rawfile.SetCurrentController(0, 1);

            int totalscannum = 0;
            double lowmass = 0;
            double highmass = 0;
            double massresolution = 0;

            string MSname = null;
            string MSmodel = null;


            rawfile.GetNumSpectra(ref totalscannum);
            rawfile.GetLowMass(ref lowmass);
            rawfile.GetHighMass(ref highmass);
            rawfile.GetMassResolution(ref massresolution);

            rawfile.GetInstModel(ref MSname);
            rawfile.GetInstName(ref MSmodel);

            double ProfilePeakWidth = 0.0;
            object MassList = null;
            object PeakFlags = null;
            int ArraySize = 0;
            int ArraySize2 = 0;

            object MassList2 = null;

            Series mz = new Series();
            Series mz2 = new Series();
            Series chart = new Series();



            rawfile.GetMassListFromScanNum(1, null, 1, 0, 0, 0, ref ProfilePeakWidth,
            ref MassList, ref PeakFlags, ref ArraySize);

            double[,] mslist = (double[,])MassList;
            int prescan = mslist.GetLength(0);

            double[, ,] array3d = new double[totalscannum, 2, mslist.GetLength(1)];

            for (int d1 = 1; d1 < totalscannum; d1++)
            {
                for (int d2 = 1; d2 < mslist.GetLength(1); d2++)
                {
                    long d3 = d2 - 1;

                    rawfile.GetMassListFromScanNum(d1, null, 1, 0, 0, 0, ref ProfilePeakWidth,
                    ref MassList2, ref PeakFlags, ref ArraySize2);

                    double[,] mslist2 = (double[,])MassList2;

                    array3d[d1, 0, d2] = mslist2[0, d3];
                    array3d[d1, 1, d2] = mslist2[1, d3];

                }
            }

        }

確かこんな感じで動いたはず。
ものすごく無駄が多い配列の初期化をしているけど、いずれよくなったらなあと。