リモートサーバで勝手に解析走らせたりしたいのでRを入れました。
RからMySQLにアクセスしたりMongoにアクセスしたりしたいので、その辺りも含めてメモ。
Installing R
ソース落としたりするの面倒なのでapt-get使います。
最新のが使いたいので、rdevを追加します。
# add source to apt.
sudo vim /etc/apt/sources.list
# add line below
+ deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu precise/
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rdev
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
# install!
sudo apt-get install r-base
Install packages in usr/local/lib/R/site-library
標準のpackageインストール先には usr/local/lib/R/site-library が指定されている為、普通にR起動して install.packages('something')しようとすると別の場所に保存しても良い？と聞かれます。packageが共有じゃなくなるっぽかったので、保存出来る設定をしました。
# to install packages in share directory.
sudo vim /etc/group
- staff:x:50:
+ staff:x:50:ubuntu # ubuntu will be your user name
sudo vim /etc/group
- staff:x:50:
+ staff:x:50:ubuntu
Install RMySQL
RMySQL packageを導入前に
sudo apt-get install libmysqld-dev
しておきましょう。
Install RMongo
RMongoの利用にはrJavaが必要になります。
色々やり方があるみたいですが、一番簡単なので。
sudo apt-get install r-cran-rjava
sudo R CMD javareconf
後はRで
install.packages('RMySQL')
install.packages('RMongo')
すればOKです。 Yay!
追記
Install Devtools
githubからパッケージインストールする時とか必須のdevtoolですが、linux系だと大抵RCurlで怒られます。
install.packages('devtools')
...
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RCurl’
ERROR: dependency ‘RCurl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/httr’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘RCurl’ are not available for package ‘devtools’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/devtools’
# RCurlを入れようとすると…
install.packages('RCurl')
...
* installing *source* package ‘RCurl’ ...
** package ‘RCurl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
RCurlの導入前にubuntuではcurl packageの導入が必要です。
“curl” source package in Precise
多分どれでも行けると思いますが僕はlibcurl4-openssl-devにしました。
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev