tmux1.9にしたら新規ウィンドウ作成時にカレントディレクトリを引き継がなくなったようなので調べてみた。
デルタを見ると
Incompatible Changes
- 'default-path' has been removed. The new-window command accepts '-c' to cater for this. The previous value of "." can be replaced with: 'neww -c $PWD', the previous value of '' which meant current path of the pane can be specified as: 'neww -c "#{pane_current_path}"'
とのことだったので、以下のように対処したら元と同じ動きになった。
tmux.conf
-bind ^C new-window -n zsh
-bind c new-window -n zsh
+bind ^C new-window -n zsh -c "#{pane_current_path}"
+bind c new-window -n zsh -c "#{pane_current_path}"
これでしばらく様子見。