OS X 10.11 El Capitanですが、今回から導入されたシステム保護機能「Rootless」で「/usr」以下の権限周りが変更になりトラブルが発生しやすくなりました。
OS X El CapitanでHomebrewを使うための注意点が
「El Capitan & Homebrew」にまとめられています。
#クリーンインストールされたEl CapitanにHomebrewをインストールする場合
通常どおりインストールできます。
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
#アップデートされたEl Capitanに「/usr/local」が存在する場合
パーミッション関係でエラーが起きる場合があります。
以下でパーミッションを変更。
sudo chown $(whoami):admin /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
その後以下のコマンドでHomebrewをインストール。
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
#アップデートされたEl Capitanに「/usr/local」が存在しない場合
以下の手順で「/usr/local」を作成した後にインストールします。
Macの電源を切り、［Command］+［R］キーを押した状態でMacをリカバリーモードで起動。
メニューバーのユーティリティ→ターミナルでターミナルを起動し、下のコマンドを実行してRootlessをOFF。
csrutil disable
再起動してターミナルを開いて以下を実行。
sudo mkdir /usr/local && sudo chflags norestricted /usr/local && sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
再度リカバリーモードでMacを起動（［Command］+［R］キーを押した状態で起動）。
ユーティリティメニュー→ターミナルで以下でRootlessをONにする。
csrutil enable
再起動してターミナルを開いて以下でHomebrewをインストール。
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"