これは多分windowsだけの問題です。
Macとかだと問題ないんじゃないかな。。。

問題点

Laravelのプロジェクトを作成して、git initしてgit add .するとたくさんのファイルがCRLFに変換されてしまう。
gitの設定には問題は無いものとします。(自動変換OFFにしてある)

解決策

.gitattributeの１行目の* text=autoを消しましょう。
これで自動的にリプレイスされないようになります。

ここ最近この設定が追加されていて、windowsから利用しようとすると自動的に変換が走ってしまいます。windowsでの開発を前提としている場合は、この行を消してから利用するほうが良いでしょう。