2012/6/18現在の話ではありますが。今後は対応してもらえるかもしれません。
CodaがバージョンアップしてCoda2となったので早速インストールしましたが、SSHでつまりました。
今回は明確に鍵を指定できるようなUIになったのですが、そこで指定できるのがDSAの鍵のみのようです。
（RSA鍵を指定しても、鍵のアイコンが青くアクティブにならない。）
RSAのSSH鍵を認識してくれません。
仕方なく、DSAで鍵を生成しなおして、DSAの公開鍵をサーバーに新規に上げました。
DSAの鍵であれば、鍵のアイコンを押して秘密鍵ファイルを指定した後に、パスフレーズを聞かれます。
パスフレーズが正しく入力されればSSHで接続できるはずです。