かなモードで?が？になってしまうのが嫌で、変更してみました。以下の変更で?をそのまま?として入力できます。

ddskkの場合

~/.skk か ~/.emacs.d/init.elに

(setq skk-rom-kana-rule-list
      '(("?" nil "?")))

~~と書いて、~~

(skk-compile-rule-list skk-rom-kana-base-rule-list
skk-rom-kana-rule-list)

~~とすると変更できるようです。skk-compile-rule-listを呼ばないといけないなんて…。~~

と書くと変更できます。

libskkを使っているインプットメソッドの場合

`/usr/share/libskk/rules/default/rom-kana/default.json' の

           "?": ["", "？" ],

という行を

           "?": ["", "?" ],

に変更して、インプットメソッドを再起動するとかなモードでも?で?が入力できるようになります。？は全英モードで入力すればいいので、大きな問題はないと思います。

もしかしたら

           "?": ["", "？" ],

行を削除するだけでもいいかもしれませんね。