前提:ES6

こんなふうに重複するユーザオブジェクトを持つ２次元配列

let groups = [
    {users:[
      {userId:1},
      {userId:2},
    ]},
    {users:[
      {userId:2},
      {userId:3},
    ]},
];

reduceで2次元配列から1次元配列に変換

let array1 = groups.reduce((a, b) => [...a.users,...b.users]);
console.log(array1);
// [
//   {userId:1},
//   {userId:2},
//   {userId:2},
//   {userId:3},
// ]

Objectの配列から整数の配列に変換

let array2 = array1.map( (user) => user.userId );
console.log(array2);
// [1, 2, 2, 3]

Setを使って重複する値を取り除く

let unique = [...new Set(array2)]; 
console.log(unique);
// [1, 2, 3]

メソッドチェーンでつなげて1行で書くと、ぱっと見、何をやってるのかわからん

let unique = [...new Set(groups.reduce((a, b) => [...a.users,...b.users]).map( (user) => user.userId ))]; 
console.log(unique);
// [1, 2, 3]

素朴な書き方

こうした方がわかりやすいという説もある

let userIdList = [];
groups.forEach((group) => {
  group.users.forEach((user) => {
    userIdList.push(user.userId);
  });
});
let unique = Array.from(new Set(userIdList));
console.log(unique);
// [1, 2, 3]

参考

unique values in an array
Array.prototype.reduce()