はじめに
最近，Jupyter Notebook を導入し，いじっているが，とても楽しい．
仕事でも活用している．とはいっても私はプログラマではないので，「開発」とかそういう言い方はできないが，設計技術者なので簡単な数値計算は自分で主に Python3 でプログラムを作って行っている．
この際，主計算のプログラム，グラフ化のプログラム，計算理論やプログラミング上のメモなどを１ファイルに残しておけるところが，あとで見直すときに便利だし，気に入っている．
さて，今回の話題であるが，「Jupyter Notebookの本道ではないかもしれない？使い方」と題してみた．「本道ではないかもしれない」というのは，New で Python3 を選んでおきながら，全く Python を使っていないためである．やっていることは，本来 Terminal で動かしていた，GMT (Generic Mapping Tools) や ImageMagick を Jupyter Notebook から使ってしまおうというものである．
別に大したことではないが，今後の活用の可能性を広げるため，実験的に行ってみたものである．
ちなみに使用マシンは，MacBook Pro (Retina, 13-inch, Mid 2014)である．
これまでのやり方
これまでは，GMT で作図する場合，以下のステップが必要であった．
- テキストエディタによる GMT および ImageMagick コマンドのスクリプト作成・保存 (GMT は eps 出力しかできないので，報告書や html に貼り付けるため png に変換するところまでを含むスクリプトを作成する)
- Terninal を立ち上げ，スクリプトを実行
- 作成画像数が少ない場合は Preview による確認
- 作成画像数が多い場合は html の table タグと img タグで画像を配置・表示する文書を作成し，これを実行して全体を把握
- 必要に応じて，エディタを立ち上げ修正，気に入るまで上記ステップを繰り返す．
ここまでで，少なくとも，（１）テキストエディタ，（２）terminal，（３）Preview もしくは html（ブラウザ） と３種類のツール類を行ったり来たりしていることになる．
Jupyter Notebook の便利な使い方
Jupyter Notebook は，コードセルに %%bash と書くと，これ以降のシェルスクリプトを実行してくれる機能がある．この機能を使って，本来 Terminal で実行していた GMT と ImageMagick のコマンドを Jupyter Notebook で実行してしまえ，というものである．
これにより，Jupyter Notebook の１ページ内ですべての作業を完結することができるはずである．
Jupyter Notebook画面のスクリーンショットを以下に示す．
なお，この記事は「使い方」に関するものなので，実際に使っているスクリプトの詳細は省略する．
Jupyter Notebook の Code セルに GMT と eps から png に変換する ImageMagick コマンドを含むスクリプトを作成．先頭には %%bash を書いておく．
png 画像を表示する html 文書を Markdown セルに記載
Code セル実行後，Markdown セルを実行し，Jupyter Notebook 上で html を表示したところ
結論
思った通りのことができた．
私の環境では，プログラム言語は Python3 しか入れていないが，Jupyter Notebook 付属の機能で，Python および Markdown (html) のみならず，Teminal 上で実行できるコマンド（少なくとも GMT と ImageMagick）は動かすことができる，すなわちプログラム・スクリプト・解説文を含む一連の作業の流れを，再現可能な形で，１ファイルに保存しておくことができることが確認できた．
ただし，今のところ，私ができるレベルまでの話であり，あまり高度なことは試せないのでわからない．
でも Jupyter Notebook，楽しい！
（追加情報：TeXも回せます）
この記事を投稿したあと，Terminal で実行できるものは全て行けそう，ということで，TeX 文書をコンパイルし，pdf を作成してみたら，うまくいきました．
コードセルで %%bash のあとにヒアドキュメントで TeX 文書を作り，platex, dvipdfm を実行して pdf を作成する手順です．
%%bash
cat << EOT > tex_doc.tex
\begin{document}
......
\end{document}
EOT
platex tex_doc.tex
dvipdfmx tex_doc.dvi
注意点としては，表の改行につかう \\（バックスラッシュ２つ）は，\\\\（バックスラッシュ４つ＋空白）としないと，TeX 文書をテキストファイルとして保存するときに，本来必要なバックスラッシュ２つの書き込みをしてくれないということです．
バックスラッシュ１つは，そのまま書き込んでくれるようです．
他にも色々試してみようと思います．
以 上