ReflectionMethod使う方法もありますが, Closureを使う方が読みやすいのでこちらの書き方を採用しました.
まだまだunittestに不慣れな中作成したため, より良い方法があればご指摘いただければと思います.
HogeClassTest.php
public function testHogePrivate(){
Closure::bind(function(){
// ここにprivate,protectedなメソッドのテストを書く
$res = HogeClass::hogePrivate();
$this->assertTrue($res);
}, $this, 'HogeClass')->__invoke();
}