公式のhelp
インスタンスの再作成をする際に、再作成前後で同じホストと認識させたい場合はホストID（デフォルトでは/var/lib/mackerel-agent/idに保存されています。詳しくは用語集のホストの項目を参照ください）が記録されたファイルを再作成前に退避しておき、再作成した時にそのファイルを配置することで対応できます。
ほとんど上記のとおりですが、1つ注意点がありました。
気をつけるポイント
/var/lib/mackerel-agent/id は noeol で作ります。
ファイルを退避せずにIDだけメモしてコピペしたらダメでした。
下記のような感じで作ったらうまくいきました。
echo -n "aaaaaaaaa" > id
viならファイルを開いて下記コマンドで改行無しのファイルを作れます。
:set binary noeol
パーミッションは適宜調整してください。
そのあとは普通に mackrel-agent を start してください。
続きからグラフが描画されるはずです。