いろいろ探しましたが、集約した情報がなかったのでまとめました。
~~docker-compose 1.3ではlog-driver設定にfluentdが対応していないようです。~~ → 1.8で対応したので追記しました。

dockerおよびdocker-comoposeのインストール

docker/docker-composeのインストールは公式ページを参考にインストール
docker
docker-compose

設定ファイルなど

以下のファイルを作成する

docker-compose.yml

fluentd:
  build: ./fluentd
  links:
   - "elasticsearch"
# Fluentd logging driver対応の場合
  ports:
   - "22422:22422"
# Fluentd logging driver非対応の場合
  volumes:
   - /var/lib/docker/containers:/var/lib/docker/containers
   - /var/run:/var/run
   - /var/log/docker:/var/log/docker

elasticsearch:
  build: elasticsearch
  expose:
    - 9200

kibana:
  image: kibana
  links:
   - "elasticsearch"
  ports:
   - "5601:5601"

fluentd

Fluentd logging driver対応の場合

pluginsディレクトリが必須なので前もって作成する

mkdir -p fluentd/plugins

fluent-plugin-elasticsearchをインストールする

FROM fluent/fluentd

RUN ["gem", "install", "fluent-plugin-elasticsearch", "--no-rdoc", "--no-ri"]

fluentd/fluent.conf

<source>
  type forward
  port 24224
  bind 0.0.0.0
</source>
<match docker.**>
  type elasticsearch
  log_level debug
  host elasticsearch
  port 9200
  include_tag_key true
  logstash_format true
  flush_interval 5s
</match>

Fluentd logging driver非対応の場合

dockerのコンテナ名が無いと何かと辛いのでfluent-plugin-docker-tag-resolverを使って出力しました。

FROM kiyoto/fluentd:0.10.56-2.1.1
MAINTAINER kiyoto@treausure-data.com
RUN mkdir /etc/fluent
ADD fluent.conf /etc/fluent/
RUN ["apt-get", "update"]
RUN ["apt-get", "install", "--yes", "make", "libcurl4-gnutls-dev"]
RUN ["/usr/local/bin/gem", "install", "fluent-plugin-elasticsearch", "--no-rdoc", "--no-ri"]
RUN ["/usr/local/bin/gem", "install", "fluent-plugin-record-reformer", "--no-rdoc", "--no-ri"]
RUN ["/usr/local/bin/gem", "install", "fluent-plugin-docker-tag-resolver", "--no-rdoc", "--no-ri"]
ENTRYPOINT ["/usr/local/bin/fluentd", "-c", "/etc/fluent/fluent.conf"]

fluentd/fluent.conf

<source>
  type tail
  path /var/lib/docker/containers/*/*-json.log
  pos_file /var/log/fluentd-docker.pos
  time_format %Y-%m-%dT%H:%M:%S
  tag docker.log.*
  format json
</source>
<match docker.log.**>
  type docker_tag_resolver
</match>
<match docker.container.**>
  type record_reformer
  container_id ${tag_parts[4]}
  container_name ${tag_parts[3]}
  tag docker.all
</match>
<match docker.all>
  type elasticsearch
  log_level debug
  host elasticsearch
  port 9200
  include_tag_key true
  logstash_format true
  flush_interval 5s
</match>

elasticsearch

デフォルトではコンテナ外から接続できないのでnetwork.bind_hostを設定する

FROM elasticsearch

RUN echo "network.bind_host: 0.0.0.0" >> /usr/share/elasticsearch/config/elasticsearch.yml

起動方法

docker-compose.ymlのあるディレクトリで以下のコマンドを実行

docker-compose up -d

参考情報

Docker 1.8 の Fluentd logging driver でコンテナログをフォワードする

docker-composeでfluentd + elasticsearch + kibana4 環境をつくる