GMTインストール その1.

20160801

Windows10 上。
つっても、WSL の上の Anaconda 上にだけど。

GMT とは、地図描画コマンドで、グラフも描けたりするソフト。

1. WSL の有効化
2. Anaconda のインストール
3. GMT4.5
4. GMT5

1. WSL の有効化

Windows Subsystem for Linux

windows 10 のみ

1. 設定アプリ => 更新とセキュリティ => 開発者向け => 開発者モード選択
2. 再起動後、プログラムと機能（スタートボタン右クリック）からWindowsの機能の有効化または無効化 => Windows Subsystem for Linux を有効に
3. 必要に応じて再起動後 cmd.exe 上で bash と打ち、ユーザー名とパスワードを設定

最初にごにょごにょ

$ sudo vi /etc/hosts

二行目に

127.0.1.1 YOURHOSTNAME

を追加

$ sudo apt-get install build-essential gfortran
$ sudo apt-get install ghostscript

でコンパイラなどをインストール。
ghostscript に関しては、gmt で要求されることから

2. Anaconda のインストール

から、Linux 用の Anaconda3-4.X.X-Linux-x86_64.sh をダウンロード

$ bash ./Anaconda3-4.1.1-Linux-x86_64.sh

を実行すると、通常 ${HOME}/anaconda3 にインストールされる。

• 質問には yes でよい
  • PATH はインストーラーの指示に従ってもいいし、自身で登録してもいい。

新規環境構築

$ conda create -n gmt4 anaconda      # 環境作成
$ conda create -n gmt5 anaconda      # 環境作成
$ source activate gmt5               # 環境呼び出し

libcom_err.so.3

GMT5のインストール時のみ

• gmt5 の make all 実行時に以下のエラーが起こるため

/usr/bin/ld: warning: libcom_err.so.3, needed by ${HOME}/anaconda3/env/gmt5/lib/libgdal.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)

libcom_err.so* を探して、シンボリックリンクを貼れば動きます。

$ cd ${HOME}/anaconda3/env/gmt5/lib
$ ln -s /lib/x86_64-linux-gnu/libcom_err.so.2.1 libcom_err.so.3

環境ごとに違うので、/lib, /usr/lib, /lib64, /usr/lib64 などに当たりをつけて探す必要あり。

GMT 用最低限のライブラリ・コマンドインストール

netcdf4 などは、デフォルトで入っています¹。

$ conda install -c menpo fftw         # GMT 用のライブラリ等のインストール
$ conda install gdal libgdal=2.0.0=0  # 〃
$ conda install cmake                 # GMT5 を入れるつもりなら。

• libgdal のバージョンが 2.0.0-1 からは、コマンドによってはコンフリクトを生じさせるため、あらかじめダウングレード。

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1. 【2019/05/24 追記】バージョンが違うAnacondaでは入ってない場合もあるみたいなので、その時は、conda install netcdf4 する。 ↩