Doctorineの下記のコマンドを実行した際にこのエラーが出た
$ php app/console doctrine:migrations:diff
[Doctrine\DBAL\Driver\PDOException]
SQLSTATE[HY000]: General error: 1030 Got error 28 from storage engine
Error 28 は、MySQLのための充分なディスク容量の空きスペースがないため発生したようでした。
df コマンドでディスク使用量を確認してみると、見事に 100% 使ってました。
$ df -h
なので、今回はdockerコンテナの再起動と不要なlogファイルの削除を行い、解決しました