ログインした時に実行されるファイル(実行順)

1, /etc/profile
2, /etc/profile/profile.d
3, ~/.bash_profile
4, ~/.bash_login
5, ~/.profile
6, ~/.bashrc
7, /etc/bashrc
上記の順番で次々と実行されていく。
/etc/profile/profile.dはディレクトリです。
profile.dの中に入っている.shファイルが全て実行されます。
全ユーザにPATHを追加するときはprofile.dの中のshファイルを追加すると良いでしょう。
特定のユーザにPATHを追加するときは/.bash_profileに追加すると良いでしょう。

ログアウトした時に実行されるファイル

1, ~/.bash_logout

「/etc/profileファイル」の説明

この部分ではrootユーザとそれ以外のユーザで分岐されている。（上がrootユーザ）
pathmunge関数で、＄PATHに引数の値を追加している。

if [ "$EUID" = "0" ]; then
    pathmunge /sbin
    pathmunge /usr/sbin
    pathmunge /usr/local/sbin
else
    pathmunge /usr/local/sbin after
    pathmunge /usr/sbin after
    pathmunge /sbin after
fi

この部分では/etc/profile.d/の中の拡張子が.shのものを全て実行していく

for i in /etc/profile.d/*.sh ; do
    if [ -r "$i" ]; then
        if [ "${-#*i}" != "$-" ]; then
            . "$i"
        else
            . "$i" >/dev/null 2>&1
        fi
    fi
done

この部分ではpathmunge関数の定義をしている
第２引数にafterが付いていれば$PATHの後に追加する。(同じ名前のコマンドだと先頭のパスが優先される)

pathmunge () {
    case ":${PATH}:" in
        :"$1":)
            ;;
        *)
            if [ "$2" = "after" ] ; then
                PATH=$PATH:$1
            else
                PATH=$1:$PATH
            fi
    esac
}

PATHの確認

echo $PATH

/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/home/username/bin

コマンドのPATHの確認

which python

/usr/bin/python

コマンドのPATHがバージョンの違うコマンドだったりとかが、たまにあります。
ホームディレクトリに最初インストールしていて、その後/usr/local/srcなどにインストールしたらPATHがホームディレクトリのままであったりとか。

フォルダの説明

/bin　システムで使う基本的なコマンドを格納
/sbin システムで使う管理者用の基本的なコマンドを格納
/usr/bin アプリケーションで使う基本的なコマンドを格納
/usr/sbin アプリケーションで使う管理者用のアプリ汎用コマンドを格納
/usr/local/bin　追加したアプリケーションで使うコマンドを格納
/usr/local/sbin 追加した管理者用のコマンドを格納

/home/USER/bin ユーザが追加したコマンドを格納
/etc/profile/profile.d 全ユーザでも使えるアプリケーションのコマンドのPATH追加するシェルファイルを格納

Linuxで環境変数が保存される仕組み(bash_profile)