Android で ffmpeg 等を使わずに端末標準のデコーダでflvを再生してみました．
flvのフォーマットや MediaCodec API の基本的な使い方は下記のURLを参照してください．
- http://developer.android.com/reference/android/media/MediaCodec.html
- http://www.adobe.com/jp/devnet/f4v.html
flvの仕様のPDFファイルは，いまadobeからダウンロードできる10.1より，10のもののほうが目次がちゃんとしてたりして読みやすい(？)．
コーデック
flv のコーデックのうち，AAC, mp3と H.264, H.263 あたりは，Androidがコーデック持ってるので再生できそうです．
VP6とかもよく見かけるけど， Stagefright に入ってないようなので難しそうです．
音声コーデック(AAC,mp3)
音声データは特に難しいところはありませんが，Audio tagの最初のバイトに SoundRate, SoundSize 等が入っているので，最初のAudio tagを見つけた時点で，AudioTrackやDecoderを初期化します．
また，AACのみパケットのタイプがデータの先頭に1バイト付いてるので処理する必要があります(無視してもデコード出来ると思いますが)．
H.264
デコーダに渡すNAL unitのスタートコードはAnnex-B形式の [0x00,0x00,0x00,0x01] でなければいけないようです．
flvは4バイトのサイズが付いているので，そこをすべて[0,0,0,1]に書き換えるだけです．
わかりにくい箇所は，コンフィグレーションレコードの扱いで，flvにはmp4のavcCと同じ形式でH.264のコンフィグレーションが入っていますが，そのままMediaDecoderに渡してもデコード出来ません．
mp4をMediaExtractorでパースした場合にどうなっているのかも疑問だったのですが，MediaFormatに"csd-0"，"csd-1"という名前のキーで書き込まれているようです．
同様に，MediaFormatに入れても良いし，または，NAL形式に変換してBUFFER_FLAG_CODEC_CONFIG フラグを付けて
デコーダに渡せばデコードできます．
H.263
FLVはH.263を格納出来ますが，通常のH.263ではなく，Sorenson Sparkです．よく似たフォーマットですが，互換性は無いのでビットストリームをパースして組み立て直す必要があります．
(目処はついてますが，まだ上手くデコードできてません)
Sorenson Spark は H.263 のサブセットなので，再エンコードせずに変換可能なはずです．Group of Block(GOB) Layerが存在しませんが，Macro Block(MB)は1つしかMBがないGOBと等しいので，Picture Layerだけ上手く作ればデコードできます．
ffmpegを読めば，どうにか出来そうです．
CEREVOの稲垣さんが，今回とは逆の，H.263からSparkへの変換をやっている記事．H.263からSparkへは一般的には変換出来ないのですが，エンコード時のパラメータさえ気をつければ可能なようです．
- http://www.itu.int/rec/T-REC-H.263-200501-I
- http://hkpr.info/flash/swf/index.php?%E3%83%93%E3%83%87%E3%82%AA%2FSorenson%20H.263%20%E3%83%93%E3%83%83%E3%83%88%E3%82%B9%E3%83%88%E3%83%AA%E3%83%BC%E3%83%A0%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%88
いろいろメモ
最初，ffmpegのコードを読もうとしていたけど，つらくなって諦めました．
ビデオのデコード時にMediaFormatにColorFormatは指定できません．リファレンスにも指定できるとは書かれてないし，指定しても無視されます．デバッグ時に，RGBで出力して欲しくて試行錯誤して少し嵌りました．H.264の場合はFormatYUV420PackedSemiPlanar等で出てきます．
コーデックに変なデータ渡したりして，久しぶりにOSごと固まったりするのを見ました．
H.264は端末によってサポートしてるプロファイルが違うので，再生できなくて間違ってるのかなーと思ったら別の端末では再生できたりも．
まとめとか
Androidで AAC, mp3と H.264 はデコードできるのを確認しました(当たり前ですが．．．)．
標準のデコーダを使うのでハードウェアデコーダが有効になるのが良いです．
書いた実験用アプリ
この記事も含めて，MIT Licenseです．