結論からいうと、よく分からないので誰か教えてたもう。
2015/12/30 追記
raspbian の wheezy イメージを直接SDに焼いて、disable_splash=1 したらいけた。
虹色の正方形とは?
なんか、Raspberry Pi の電源を入れると出てくるアレです。
https://www.raspberrypi.org/forums/viewtopic.php?t=7486&p=92223
カーネルのロードがおかしいのでは?
一応起動してるみたいなので、いけてると思いたい。
/boot/config.txt いじったの?
disable_splash=1をしてるんだけど出てくる。
ちな、disable_splash=0にすると、起動後表示、その後一旦消えて、再度表示されるという状況になったので、1にすることで、一回分は効いてる模様。
結論
今んとこ、どうすることもできないのでそのままっす。