Amazon Linux ( AWS EC2 )での話です。
gemのlibv8を3.16.14.11から3.16.14.13へ
mysql2を0.3.18から0.4.1へアップデートするときエラーとなった
対処としては
yum install mysql56-libs
yum install mysql56-devel
として対応
nativeなgemに必要なライブラリがインストールされていなかったのだが、どのライブラリか特定するのに時間がかかった。
おそらく、mysql56-develだけでOKだと思われるがlibsからインストールしてしまったため、両方併記しておきます。
root権限で
bundle update
して解決
root権限がないとパーミッションエラーになりました。
（この辺は環境依存かも知れません）