EclipseやIntelliJなどのIDEで署名無しAPKファイルを作成した場合、自分で"jarsigner"で署名をしたAPKファイルをデベロッパー・コンソールにアップしようとすると、zipalignをするよう警告が出ます。
（各IDEおよびAntで署名付きでビルドした場合は、自動的にzipalignが行われます。）
その場合は、コマンドラインで以下を行います。
ただし、必ず署名をした後で実行しなければいけません。署名の前に実行してしまうと、署名をした際に、align情報が失われてしまいます。
zipalign.sh
# アラインを設定する
zipalign -v 4 [infile.apk] [outfile.apk]
# アラインが正しく設定されたか確認する
zipalign -c -v 4 [outfile.apk]
なおzipalignコマンドは、Android SDKディレクトリのtoolsフォルダにあります。