まずこの注釈というのははてな記法にある、こんなやつ→1です。
あまり冴えた方法とは呼べないかもしれません。
というかこの記事を書くことでQiitaが注釈を実装してくれるのを願います。（できればはてな記法ライクがいいです）
まず前提ですが、Markdownは基本的に、はてな記法にあるような注釈を扱えません。中には拡張して使えるようにしてしまったものもあったりしますが、どうせQiitaのMarkdownでは使えないので今はその話はしません。
また、Qiitaは最近、Markdownの中にHTMLを混在させることができるようになりました。参考
これによって、どうにかQiitaでもはてな記法の注釈のようなことができるようになったので記しておくというわけです。
[追記]この方法には問題があります。[/追記]
初めに、2のようなリンクですが、このようなMarkdownを書きます。
<sub>[1](#1)</sub>
HTMLの <sub> タグでMarkdownのリンクを囲っています。リンクの先は #1 となっていて、同ページの <a name="1"> へ飛ぶようになっています。
ということは、あとは簡単ですね。
記事の下のほうに、以下のような感じMarkdown(HTMLにしか見えません)を書きます。
<a name="1">1.</a> こんにちは、注釈世界！
こうすれば無事めでたくQiitaの記事ではてな記法のような注釈を使えるわけです。
（ただしはてな記法みたいに注釈の詳細の方をクリックしたら、記事の該当部分に飛ぶなんて器用な機能はありませんが）
[追記]このやり方では、target属性に_blankが設定されるため別ページへのリンクになってしまいます。[/追記]
[追記]少し面倒ですが、このようにしてください。
<sub><a href="#1">1</a></sub>
[/追記]
でもやっぱ面倒だからな…。
Qiitaの開発チーム様お願いします！3
1. こんにちは、注釈世界！
2. Hello, Annotation World!
3. ちょっと注釈をつけたいなー、と思うことがある程度なので別に急いでいただかなくても結構ですが…。