Appender設定を複数指定し、それぞれレベル指定をした上で、親となるLogger要素にも基準となるレベル指定が必要でしたので、忘れないようメモ。
log4j2.xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Configuration status="off">
<Properties>
<Property name="logformat">%date{yyyy-MM-dd HH:mm:ss.SSS} %-5p [%15thread] %class#%method@%4line : %message %n</Property>
</Properties>
<Appenders>
<Console name="stdout" target="SYSTEM_OUT">
<PatternLayout pattern="${logformat}" />
</Console>
<File name="file" fileName="logs/app.log">
<PatternLayout pattern="${logformat}" />
</File>
</Appenders>
<Loggers>
<Logger name="package.sample" additivity="false" level="DEBUG">
<AppenderRef ref="stdout" level="DEBUG"/>
<AppenderRef ref="file" level="INFO"/>
</Logger>
</Loggers>
</Configuration>