既存のコマンドを Helm インターフェイスに置き換える方法として (helm-mode 1)
とする方法があります. execute-extended-command (M-x) などを置き換えると非常に便利なのですが, find-file (C-x C-f) や write-file (C-x C-w) は Helm が便利だと感じたことがありません.
helm-mode を有効にしているときでも find-file はデフォルトのものを使いたい場合は .emacs に以下を記述します.
(require 'helm-mode)
(helm-mode 1)
;;; 処理を変更したいコマンドをリストに登録していく
(add-to-list 'helm-completing-read-handlers-alist '(find-file . nil))