storyboardを疑ってみると良いかもしれないです。
開けるようになるまで<scenes> .. </scenes>を適当に間引いて、開けるようになったら直前に間引いたエリアに問題があるｗ
quick sortみたいに半分半分でやっていくと効率いいです。
今回問題になった箇所は、こんなかんじにMapViewControllerの中にUIViewがいくつかあって、その中にUIButtonとかパーツが入ってるような入れ子？
UIView3が下ギリギリにしてたのが悪かったのか、xcode4で一度開いて位置をずらして保存後、xcode5で開いたら開けるようになりました。