KeyRemap4MacBook を使う。
private.xml
<?xml version="1.0"?>
<root>
<appdef>
<appname>SEQUELPRO</appname>
<equal>com.google.code.sequel-pro</equal>
</appdef>
<item>
<name>Sequel Pro</name>
<item>
<item>Remap C-h to DELETE</item>
<identifier>org.aereal.sequel-pro.remap-c-h-to-delete</identifier>
<autogen>--KeyToKey-- KeyCode::H, VK_CONTROL, KeyCode::DELETE</autogen>
</item>
</item>
~/Library/Application Support/KeyRemap4MacBook/private.xml に追記 (なければ作る) する。
/Library/PreferencePanes/KeyRemap4MacBook.prefPane を開いて "Reload XML"