環境は，OS X 10.9.1，Emacs24.3です．
geeknoteという本来はLinux向けのEvernoteコマンドラインツールを使うことで実現します．
Emacs側の設定
Emacsはサーバ起動しておき，emacsclientから接続します．
init.elなどに以下を追記します．
(require 'server)
(unless (server-running-p) (server-start))
geeknoteのインストールと設定
% git clone git://github.com/VitaliyRodnenko/geeknote.git
% cd geeknote
% sudo python setup.py install
ここまででインストールが完了します．
% geeknote login
でEvernoteにログインします．
ログイン後，以下を設定すれば準備完了です．(Emacsは起動しておく必要があります．)
% geeknote settings --editor /Applications/Emacs.app/Contents/MacOS/bin/emacsclient
geeknoteの利用
ノートの作成
% geeknote create --title hogehoge
ノートの検索
最新20件
% geeknote find
文字列検索(本文を含む)
% geeknote find --search hogehoge --content-search
ノートの編集
% geeknote edit -n 対象ノートのNo
サンプル
% geeknote find --search "Shop*"
Total found: 2
1 : Shopping list 22.04.2012
2 : Shopping list 25.04.2012
% geeknote edit -n 1
これで，Shopping list 22.04.2012がEmacsで編集できます．
Emacsから戻るには，C-x #です．
Evernote側ではきちんとHTMLっぽく表示されるので，中々いいです．
geeknoteについて詳しくは公式にあるとおりです．