iOS9で、[NSLocale preferredLanguages]から返却される日本語のコードが
「ja」から「ja-JP」や「ja-US」などのコードに変更されました。
それに付随して、どうやら Localizable.string で適用されるファイルにも変更があったようです。
状況
当初、以下のような構成で他言語対応を行っていました。ベース言語は英語です。
iOS8以前はこれでも正常に翻訳されていましたが、iOS9では
このJapaneseファイルを適用することができなくなってしまいました。
対策
Otherの中に「Japanese (Japan) (ja-JP)」の項目があるので、それを適用しましょう。
Japaneseファイルをベースにして作成すれば大丈夫です。
あとがき
ちゃんとbetaインストールして試しておけばよかった…。