sshd_confを設定している最中に
この2行の違いが気になったので調べた結果を残します(参考).
RSA認証
Specifies whether pure RSA authentication is allowed.
This option applies to protocol version 1 only.
だそうです.なのでprotocol 1は使わないのでnoでいいかと.
Pubkey認証
Specifies whether public key authentication is allowed. Note that this option applies to protocol version 2 only.
だそうです.なのでprotocol 2だけ使うときはこちらだけをyesにしとけばいいかと.