phpstromがいいとよく聞くのでatomから乗り換えてみました。
英語大変ですが勉強になります。
環境
virtualbox+vagrant+centosでwin10上に環境を構築している。
これまではatomエディタでssh接続して直接centos上のファイルを開き保存などしていた。
ファイルの管理方法
ローカルwin上で普通に保存（管理）したり
ceontos上のフォルダをwinと同期させたり（vagrant synced folders）
atomのremoteftp何かで直接centos上のディレクトリをいじったり
いろいろな方法があるが直接いじる方法が一番安定感があったので採用。
※vagrant synced foldersをリアルタイム同期するのがメンドウだった。
慣れている人はそっちのほうが簡単というパターンもあるかもです。
phpstormからサーバ上のファイルを直接編集できた
この情報がなかなか見つけられなかった。結局本家にありました。
https://blog.jetbrains.com/jp/2014/02/04/390
前提としてsetting→deploymentでサーバ情報を登録しておく必要があります。
ファイル編集したら保存ではなくアップロードボタンを押すと反映されています。
当然ながらパーミッション、所有者、グループはphpstormから編集できるように設定しておく必要があります。
phpstormを少し触ってみて便利に感じたところ
・コーディング規約設定が超楽。プロジェクト単位で設定可能でwordpressなら項目からwordpressと選ぶだけで設定可能。
・ターミナルをIDE内で立ち上げられる。vimも立ち上げられる。
・vagrant upなどもボタン1発でIDE内で行える。
・定義もとへのジャンプが便利。（atomでもできないことはなさそう）
・atomに比べると設定が楽だった。バグが少ない印象
総合的にみなさんが『いい』とおっしゃっている理由を自分なりに書いてみると
ちょっとしたことなんですが設定が楽だったり、補完機能が充実していたりというところじゃないかなと。
またgitなんかの機能と連携させてみて気になるところがあれば追記します。