どういうわけかwindow.webkitをtrueで上書きしているサイトが少なからず存在します。
そのサイトにはWKWebViewのuserContentController:didReceiveScriptMessage:(WKScriptMessageHandler)を呼び出せません。
対処法
ページを読み込む前にwindow.webkitを別の変数に保存しておき、あとはその変数からmessageHandlersを使えばOKです。
こちらを参照: WKWebViewでJavaScriptを読み込み前後に仕込むサンプル
例
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ページの読み込む前 JavaScriptを実行
MyWebkitNamespace = window.webkit;
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ページの読み込み...
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ページの読み込み後 JavaScriptを実行
MyWebkitNamespace.messageHandlers.myMessageTest.postMessage('ok');
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