ハッキリしないけど、どうもこんな風です。
１：4088QSBのprintfは、USBシリアルとHDK UART0(p42)の両方に出てる。ただしULINK2を繋ぐとUART0だけに出る。
つまり4088QSB＋ULINK2でのprintfではUART0(p42)を使えってことかも。
２：PCが4088QSBをドライブとして認識するのを待ってからフラッシュ焼きをしないと失敗することがある。
待つのがじれったいアナタとワタシは、ボード右下のHDK enable jumperを外すと良いみたい。