MySQLでDROP DATABASEしたらデッドロック

スクリプトでデータベースを自動生成するシステムで、CREATE DATABASEはトランザクションが効かないクエリなので例外でrollbackする時自力でrollbackします。その時、防御的措置として、メインのテーブルにレコードが無いものだけを削除できるように以下のように実装しました。

public function dropDatabase()
{
  $db = $this->getConnection();
  $rec = $db->fetchOne('SELECT id FROM item LIMIT 1');
  if($rec)
  {
  	throw new Sdx_Exception("You can't drop database having any item record.");
  }
  
  $rootdb = Fc_Db::getRootConnection();
  $rootdb->query(sprintf('DROP DATABASE %s', $this->getDatabaseName()));
}

するとデッドロックが発生。SHOW PROCESSLISTで確認すると

Waiting for table metadata lock

とのこと。connectしたDBをそのままドロップすると発生するらしい。

  //接続を閉じないとデッドロック
  $db->closeConnection();
  
  $rootdb = Fc_Db::getRootConnection();
  $rootdb->query(sprintf('DROP DATABASE %s', $this->getDatabaseName()));
}

明示的にconnectを切れば発生しません。MySQL5.5/Autocomit OFFで試しました。