GeneOntrogyのchild termをすべて取得する #Python

Amigoの標準ブラウザでは、なぜか、特定termのChild termを全部取ってくるということができなかった。
そういうときはgooseをつかって直接sqlセレクト文と叩いて取ってくることができる
gooseのページ
http://amigo.geneontology.org/goose
構文例集
http://wiki.geneontology.org/index.php/Example_LEAD_Queries

けど、sqlにはあんま慣れてないのでできればpythonに直で流したい
そこでpythonをつかってGoSqlに入って、データを取ってくるスクリプトを作ったのでメモっとく。

以下のサイトを参考にした
https://biology.stackexchange.com/questions/35188/how-do-i-find-the-number-of-child-terms-associated-with-a-specific-go-term

go_child_get_mysql.py


# -*- coding: utf-8 -*-
import MySQLdb

# DBに接続しカーソルを取得する
connect = MySQLdb.connect(host='mysql-amigo.ebi.ac.uk', port=4085, user='go_select', passwd='amigo' , db='go_latest', charset='utf8')
cursor = connect.cursor()


sql = (
    'SELECT DISTINCT descendant.acc, descendant.name, descendant.term_type '
    'FROM'
    ' term'
    ' INNER JOIN graph_path ON (term.id=graph_path.term1_id)'
    ' INNER JOIN term AS descendant ON (descendant.id=graph_path.term2_id) '
    "WHERE term.name='nucleus' AND distance <> 0;"
#IDで調べるときはterm.acc='GO:0015979'など
)

cursor.execute(sql)  # select文を実行

for row in cursor:
    print row[0], row[1]

cursor.close()
connect.close()