ユーザーがアノテーション情報を自由に編集、抽出できるゲノムブラウザWebApolloの導入方法です。新規ゲノムから新たに遺伝子モデルの構築を行っていく場合や、既知の遺伝子モデルが不適当なときに、インタラクティブにモデルの変更を行えます。発現量をグラフ形式で見たり、interPro Scanの結果からドメイン領域の確認をする場合も有用です。

ここでデモを見られます
http://genomearchitect.github.io/demo/

参考サイト

本家
https://genomearchitect.readthedocs.io/en/1.0.4/Quick_start_guide/
バージョンが多くて依存関係も複雑！

ポスグレの入れ方
http://qiita.com/tstomoki/items/0f1a930bd42a8e1fdaac

事前準備

macはEl Capitan 10.11.6です
Apolloを動かすために新規ユーザーを作成しておいた方が良いです。自分はMac miniを準備して、Apollo専用にしています。
必要なツールを管理するためにhomebrewを使っています。以下のサイトを参考にいれて下さい。 https://brew.sh/index_ja.html

仮Runまで

JAVA/JDKをいれる

以下のとかを参考にオラクルのサイトから落としてインストール
http://devnote.jp/jdk/8/osx/

JAVA_HOMEを設定する。今回はv1.8のJDKをいれたので
.bash_profileに以下の様に記述する

.bash_profile

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 1.8`

Tomcatをいれる

brewでいれます

tomcat.sh

brew install tomcat

試しに起動する

tomcat_start.sh

$(brew --prefix)/bin/catalina start

safari等で
http://localhost:8080
にアクセスして、不細工ネコがでたらOK

終了しておく

tomcat_stop.sh

$(brew --prefix)/bin/catalina stop

Apolloダウンロード

以下のサイトからダウンロードして解凍する
https://github.com/GMOD/Apollo

出来たapollo-2.0.6ディレクトをhome直下とかに置く

必要なツールをインストール

homebrewが入っていれば、まず以下のワンライナーでガッツリいれる

Prereq_apollo.sh

brew install wget git node.js npm

bowerを別個にいれる

bower_install.sh

npm install -g bower

grailsをいれる

grailsをいれたいが
grailsの最新版(v3)だとエラーがでるので
grails 2.5.5をsdkmanを使ってインストールする

以下の様に打つ
curl -s get.sdkman.io | bash
別ウインドウを開いて
source "$HOME/.sdkman/bin/sdkman-init.sh"
sdk install grails 2.5.5

grailsに関連するツールをいれる

sdkmanでインストールを続ける

grails_tools_install.sh

sdk install gradle 2.11
sdk install groovy
sdk install maven
sdk install ant

環境がそろっているか、仮runして確認する

test_run.sh

cd ~/Apollo-2.0.6
./apollo run-local

| Server running. Browse to http://localhost:8080/apollo
とでればOK

仮起動中はコンソールが占拠されるので、
終了する時はCtrl + Cをおして中断させる。

ユーザー管理を出来るようにする

仮ランだと設定がmacの起動毎にかわってしまってしまうのでポスグレと連携させて
おかしくならないようにする。

環境変数を設定

めんどくさくないように、環境変数を設定します。
~/.bash_profile に以下の様に書き込みます。

.bash_profile

export PGUSER=web_apollo_users_admin
export PGPASSWORD=password
export WEBAPOLLO_USER=web_apollo_admin
export WEBAPOLLO_PASSWORD=web_apollo_admin
export WEBAPOLLO_DATABASE=web_apollo_users
export JBROWSE_DATA_DIR=$HOME/Desktop/data
export WEBAPOLLO_DATA_DIR=$HOME/Desktop/annotations

ポスグレデータベースを作成

ポスグレはwebapolloにログインするユーザーを管理するのに使っています。

最新のポスグレ(9.6)だと動かないので
9.5.5 をいれる

init_postgres.sh

brew tap homebrew/versions
brew install homebrew/versions/postgresql95
rm -rf /usr/local/var/postgres && initdb /usr/local/var/postgres -E utf8
pg_ctl -D /usr/local/var/postgres start

ポスグレユーザーを設定する

user_postgres.sh

createuser -RDIElPS $PGUSER

webapolloのユーザー管理のためのDBを作成する

db_postgres.sh

createdb -E UTF-8 -O $PGUSER $WEBAPOLLO_DATABASE -U `whoami`

デプロイする

ポスグレをユーザー管理に使うので、それ用の設定ファイルを
apollo-config.groovy としてコピーする

db_postgres.sh

cd Apollo-2.0.6/
cp sample-postgres-apollo-config.groovy apollo-config.groovy

コピーしたconfigファイルにポスグレ接続用のユーザーとパスワード、データベース名を書き込む

url = "jdbc:postgresql://localhost/$データベース名
を見逃しがちなので注意。

config.properties

........
            username = "<CHANGEME>"
            password = "<CHANGEME>"
            driverClassName = "org.postgresql.Driver"
            dialect = org.hibernate.dialect.PostgresPlusDialect
            url = "jdbc:postgresql://localhost/apollo"
        }
...........

上記の部分を
以下の様に変える

config.properties

........
            username = "web_apollo_users_admin"
            password = "password"
            driverClassName = "org.postgresql.Driver"
            dialect = org.hibernate.dialect.PostgresPlusDialect
            url = "jdbc:postgresql://localhost/web_apollo_users"
        }
...........

デプロイする

deploy.sh

./apollo deploy

| Done creating WAR target/apollo-2.0.6.war
とでたらOK

~/Apollo-2.0.6/targetにapollo-2.0.6.warができているのでこれを、名前をapollo.warにかえて
/usr/local/Cellar/tomcat/8.5.11/libexec/webapps/に移動させる

cp ./target/apollo-2.0.6.war /usr/local/Cellar/tomcat/8.5.11/libexec/webapps/apollo.war

起動確認

tomcat を起動させて

tomcat_start.sh

$(brew --prefix)/bin/catalina start

http://localhost:8080/apollo
にアクセスしてwebapolloが起動したらOK
(tomcatの起動やapolloの展開に時間がかかるので気長にまってからアクセスする）

表示に従ってadminアカウントを作っておく

tomcatのメモリーを増やす

tomcatのデフォルトのメモリー量では足りないので、メモリを増やす

mac mini は16Gメモリーがあるので以下の様にしました。

setenv.sh

export CATALINA_OPTS="-Xmx12288m -Xms8192m \
        -XX:PermSize=256m \
        -XX:MaxPermSize=1024m \
        -XX:ReservedCodeCacheSize=64m \
        -XX:+UseG1GC \
        -XX:+CMSClassUnloadingEnabled \
        -Xloggc:$CATALINA_HOME/logs/gc.log \
        -XX:+PrintHeapAtGC \
        -XX:+PrintGCDetails \
        -XX:+PrintGCTimeStamps"

このsetenv.shファイルを/usr/local/binにいれてtomcatを再起動すればよい

イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入する その１ システムを作るまで

参考サイト

事前準備

仮Runまで

JAVA/JDKをいれる

Tomcatをいれる

Apolloダウンロード

必要なツールをインストール

bowerを別個にいれる

grailsをいれる

grailsに関連するツールをいれる

環境がそろっているか、仮runして確認する

ユーザー管理を出来るようにする

環境変数を設定

ポスグレデータベースを作成

ポスグレユーザーを設定する

デプロイする

起動確認

tomcatのメモリーを増やす

イケてるゲノムブラウザWebApollo2.0.6をmacに導入するその１　システムを作るまで