[2017/06/23 追記] Karabiner-Elements に同等の機能が追加されたので 以下の手法ではなく普通にそちらを使ってください．
やりたいこと
タイトルの通り
問題
そもそも Sierra では Karabiner が動かないため，tekezo さんが Karabiner-Elements を作成してくださっている．が，この Karabiner-Elements には1つ大きな問題がある．
US キーボードユーザには Karabiner を使って左 Command キーに半角英数キー，右 Command キーにかなキーを割り当てている方が多かったと思うが，この Karabiner-Elements ではそのように割り当ててしまうと Command + 何か他のキー のショーットカットキーがそれぞれ独立したキー操作として認識されてしまう．これではコピペすらできない．
対処
wwwjfy さんが Standalone keys という機能を Karabiner-Elements に追加してくださった．これを用いて上記の問題は解決できる．
本家 Karabiner-Elements にもプルリクを送っているが，2017/04/01 時点ではコンフリクトが生じておりマージされていない．したがって wwwjfy さんがフォークしたリポジトリから Karabiner-Elements をインストールする必要がある．
方法
インストール
最新のリリース から dmg をダウンロードしてインストール
設定
~/.config/karabiner/karabiner.json の standalone_keys 内を以下のように変更．
"standalone_keys": {
"left_command": "japanese_eisuu",
"right_command": "japanese_kana"
},
これで目的は達成されるはず．なんかミスってたら Karabiner-Elements Preferences の Log タブにエラー出ます．
プルリク通ったら普通に本家の Karabiner-Elements 入れればいいと思うのでそれまでのつなぎで．