シミュレータで順調に作業していて、実機でも確認しようとしたときにStoryBoardの変更が反映されない問題が生じました。
結論から言うと、English用StoryboardとJapanese用のStoryboardの両方がプロジェクトに含まれていたのが原因でした。
今まではEnglish用しか変更してこなかったので、実機で起動するとJapanese用が参照されるため反映されていないように見えていたようです。
解決方法としては、English用かJapanese用のどちらかのStoryboardを削除すればいいようです。自分はEnglishでずっと編集をしていたので、Japanese用を削除したらしっかり反映されていました。
同じような問題を抱えている方は、Storyboardの言語を確認してみて下さい。参考になればと思います。