AppleScriptでシェルを動かす時，なんらかのファイル指定（実行するphpファイルだったり，書き込むtxtファイルだったり)をしたい時があります．その時のパスの指定についての話です．
シェルを動かす時のファイルパス
ファイルパスを指定する時ですが，書いているAppleScriptファイルを何処に置いても，そのファイルの中で動かすシェルでの最初のカレントディレクトリは必ずルートディレクトリになっています．
test.applescript
#入力
do shell script "pwd"
すると，出力で "/" が確認できると思います．
したがって，AppleScript内でシェルを動かし，その中でファイル指定をする時には，必ずそのファイル名を絶対パスで記述するか，カレントディレクトリをファイルのディレクトリまで移動させて行うことになります．
excute.applescript
# ~/User/MyPHP/test.phpを実行したい時
# 絶対パスで記述する方法
do shell script "php ~/User/MyPHP/test.php"
# カレントディレクトリを移動する方法
do shell script "cd ~/User/MyPHP; php test.php"
以上が，AppleScriptでシェルを動かす時のファイル指定の方法です．