動作環境
Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
# yum list installed | grep netcdf
netcdf.x86_64 4.1.1-3.el6.5 @epel
netcdf-devel.x86_64 4.1.1-3.el6.5 @epel
netcdf4-python.x86_64 1.0.2-1.el6 @epel
関連 http://qiita.com/7of9/items/374323a390482a6969cf
ことの発端
あるFortran90のソフトをコンパイルしようとしてエラーが出た。
http://qiita.com/7of9/items/193f19a750e3384c8d2e
undefined reference to `nf_enddef_'
libnetcdf.aなどが認識できていない
結論
ライブラリオプションに-lnetcdffを足してエラーはなくなった。
以上。
上記を得るまでに試した/試そうとしたこと (以下、無駄話)
- yumでのパッケージをあきらめてNetCDFをソースからインストールしよう
- NetCDFをインストールしたらFortranパッケージがない
- NetCDF Fortranパッケージをインストールしよう
- NetCDF FortranパッケージインストールにはHDF5ライブラリの関連をごによごにょ
- HDF5をソースからインストールする、、、、か？
- 面倒なので、yumに戻した。
できごころで-lnetcdffを足して該当のFotranパッケージをビルドした。
通った。
心の叫び
参考 http://qiita.com/mpyw/items/a4495d476ea9ffe54e16
ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛も゛っ゛と゛早゛く゛知゛り゛た゛か゛っ゛た゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛ア゛
(generated by 阿鼻叫喚ジェネレーター)
着゛目゛点゛違゛う゛Y゛o゛。゛2゛時゛間゛前゛の゛自゛分゛。゛
ひっかかっている点
1つだけひっかかっている点。
libnetcdf.aというファイルが上記の作業の結果/usr/lib64以下に見つかるようになっている。
yumしなおした結果なのか、ソースからのインストールで生成されたものかは判別できていない。
yumでnetcdf-static.x86_64もインストールしたことと関係あるかもしれない。
試しにyum removeにてnetcdf-static.x86_64を削除した。libnetcdf.aというファイルはなくなった。
該当のソフトをコンパイルしてみた。エラーなくコンパイルできた。