gnuplot > 読込みファイルのセパレータをカンマにする > set datafile separator ","

動作環境

GeForce GTX 1070 (8GB)
ASRock Z170M Pro4S [Intel Z170chipset]
Ubuntu 14.04 LTS desktop amd64
TensorFlow v0.11
cuDNN v5.1 for Linux
CUDA v8.0
Python 2.7.6
IPython 5.1.0 -- An enhanced Interactive Python.
gcc (Ubuntu 4.8.4-2ubuntu1~14.04.3) 4.8.4
GNU bash, version 4.3.8(1)-release (x86_64-pc-linux-gnu)
gnuplot 4.6 patchlevel 4

gnuplotではデフォルトではスペース区切りのファイルを読込むようだ。
カンマ区切りのファイルを読込みたい。

$ head dipoles_170404 
-0.209440,-1.466077,-5.235988
0.209440,-1.466077,-5.235988
-1.047198,-1.047198,-5.235988
-0.628319,-1.047198,-5.235988
-0.209440,-1.047198,-5.235988
0.209440,-1.047198,-5.235988
0.628319,-1.047198,-5.235988
1.047198,-1.047198,-5.235988
-1.047198,-0.628319,-5.235988
-0.628319,-0.628319,-5.235988

参考　http://gnuplot.sourceforge.net/docs_4.2/node173.html

gnuplot> set datafile separator ","
gnuplot> splot "dipoles_170404"