HandBrake からダウンロードしてインストールします。
マルチプラットフォーム対応です。
基本的には、「Source」から変換したい動画を選択して「Browse」から保存先を指定して、「Start」を選択すれば、mp4形式に変換されて保存されます。
動画の一部のみを変換したいときは、①を「Seconds」に変更し、②に開始時間を、③に終了時間を指定して、「Start」すれば、変換されます。
ちなみに、HandBrakeには日本語版もありますが、バージョンが低く時間指定での変換機能がありません。
そのときは、最新版（英語）を利用してください。
mp4またはm4vをflvに変換する必要があるときは、Any Video Converter というフリーソフトを使うと可能です。
Webページに動画を貼り付けたい場合、HTML5ならvideoタグを使えば、そのまま再生されると思います。