いつもグラフをコピー&ペーストで保存していたのですが、面倒なので直接ファイルとして保存する方法を調べました。
04_Output_Graph.R
#Get sample data
x<-iris$Sepal.Length
y<-iris$Sepal.Width
#-------Output Png file------------------
png("04_output.png") #Open device
plot(x,y)
dev.off() #Close device
#-------Output windows meta file (vector image) ------------------
win.metafile("04_output.wmf")
plot(x,y)
dev.off() #Close device